Identyfikacja protetycznych patogenów chorób za pomocą metody metagenomicznej

width=300Metagenomiczne sekwencjonowanie może zmienić liczbę infekcji, szczególnie tych spowodowanych przez trudne do hodowli organizmy. Metagenomics został wykorzystany do zbadania protekcyjnych infekcji stawów (PJI), gdzie wykrywanie patogenu może być wyzwaniem.

Metody

Zbadano czterysta osiem próbek płynu ultradźwiękowego wytworzonych z resekcji stawu biodrowego i kolanowego, w tym 213 od osób z infekcjami i 195 od osobników bez zakażenia. Próbki wzbogacono w DNA drobnoustrojów stosując podstawowy zestaw MolYsis, amplifikowano cały genom i zsekwencjonowano za pomocą instrumentów Illumina HiSeq 2500. Zaprojektowano rurociąg, aby odfiltrować ludzkie odczyty i przeanalizować pozostałe sekwencje pod kątem zawartości drobnoustrojów przy użyciu narzędzi Livermore Metagenomics Analysis Toolkit i MetaPhlAn2.

Wyniki

W porównaniu z hodowlą płynów ultradźwiękowych biolodzy byli w stanie zidentyfikować znane patogeny w 94,8% (109/115) PJI dodatnich od hodowli, a dodatkowe potencjalne patogeny wykryto w 9,6% (11/115). Nowe potencjalne patogeny wykryto w 43,9% (43/98) kulturowych negatywnych PJI, z których 21 nie miało innych pozytywnych źródeł kultury, z których wykryto te mikroorganizmy. Wykrywanie drobnoustrojów w próbkach z niezakażonych aseptycznych niepowodzeń było odwrotnie (7/195 [3,6%] przypadków). Obecność ludzkiego i zanieczyszczającego DNA drobnoustrojów z odczynników była wyzwaniem, jak wcześniej podano.

Wnioski

Metagenomiczne sekwencjonowanie jest potężnym narzędziem do identyfikacji szerokiej gamy patogenów PJI, w tym trudnych do wykrycia patogenów w infekcjach ujemnych w hodowli.
[hasła pokrewne: endomitoza, państwa roślinne, rodzaje ściegów ]

5-letnia prospektywna wielostronna ocena infekcji grypowej u biorców przeszczepów

width=300Sezonowe zakażenie grypą może powodować znaczną zachorowalność i śmiertelność u biorców przeszczepów. Celem tego badania była ocena epidemiologii objawowej infekcji grypowej po przeszczepie i określenie czynników ryzyka ciężkiej choroby.

Metody

Dwadzieścia ośrodków w Stanach Zjednoczonych, Kanadzie i Hiszpanii prospektywnie zarejestrowało przeszczepienie narządów stałych (SOT) lub biorców komórek krwiotwórczych (HSCT) z potwierdzoną mikrobiologicznie chorobą przez 5 kolejnych lat (2010-2015). Dane demograficzne, dane mikrobiologiczne i wyniki zebrano. Pobierano seryjne wymazówki z nosogardzieli w momencie rozpoznania i do 28 dni, a następnie przeprowadzono ilościową reakcję łańcuchową polimerazy na grypę A.

Wyniki

Do badania zakwalifikowano 616 pacjentów z potwierdzoną grypą (477 SOT; 139 HSCT). Zapalenie płuc podczas prezentacji stwierdzono u 134 z 606 (22,1%) pacjentów. Terapię antywirusową podawano do 94,1% przez medianę 5 dni (zakres, 1-42 dni); 66,5% pacjentów było hospitalizowanych, a 11,0% wymagało opieki intensywnej opieki medycznej (OIT). Odbiór szczepionki w tym samym sezonie grypy był związany ze spadkiem nasilenia choroby, co stwierdzono na podstawie obecności zapalenia płuc (iloraz szans [OR], 0,34 [95% przedział ufności {CI}, .21-.55], P < .001) i przyjęciu na OIT (OR, 0,49 [95% CI, .26-.90], P = 0,023). Podobnie wczesne leczenie przeciwwirusowe (w ciągu 48 godzin) wiązało się z lepszymi wynikami. U pacjentów z grypą A, zapaleniem płuc, przyjęciem na OIOM i niepodlegającymi immunizacji wiązało się również z wyższymi wskaźnikami wiremii podczas prezentacji (odpowiednio P = 0,018, P = 0,008 i P = 0,024).

Wnioski

Coroczne szczepienia przeciw grypie i wczesna terapia przeciwwirusowa wiążą się ze znacznym zmniejszeniem zachorowalności związanej z grypą i powinny być podkreślane jako strategie poprawy wyników u biorców przeszczepów.
[podobne: perycykl, anafaza, chromoplasty ]

Wydzielanie nerczycowych gruczolaków z komórek nerkowych nerek u pacjentów po przeszczepieniu nerki ad

Ocena ilościowa odrzucenia nerki w biopsjach po przeszczepie została przeprowadzona z klasyfikacją Banff 97.18 Badanie histologiczne
Próbki z resekcyjnych przezcewkowych były całkowicie zatopione w parafinie i pocięte na sekcje o grubości 4 do 6 .m. Jedna sekcja była wybarwiona hematoksyliną i eozyną, a sąsiednie sekcje zastosowano do fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ, analizy immunohistochemicznej i barwienia lektyn. W wybranych przypadkach sekcje analizowane przez fluorescencyjną hybrydyzację in situ były uzupełniane hematoksyliną i eozyną w celu porównania analizy chromosomu płci i szczegółów histologicznych w tej samej sekcji tkanki. Gruczolak nerczycowy rozpoznano, gdy zaobserwowano typowe cechy histologiczne (proliferacje cewkowe lub torbielowate lub oba, z lub bez formacji brodawkowej) 5.
Fluorescencja w hybrydyzacji in situ
Zatwierdzone przez Food and Drug Administration X i Y sondy centromerowe, oznaczone bezpośrednio Spectrum Orange i Spectrum Green (Vysis), zostały użyte zgodnie z protokołami producenta. Read more „Wydzielanie nerczycowych gruczolaków z komórek nerkowych nerek u pacjentów po przeszczepieniu nerki ad”

Wydzielanie nerczycowych gruczolaków z komórek nerkowych nerek u pacjentów po przeszczepieniu nerki

Gruczolaki nerczycowe są łagodnymi zmianami nowotworowymi w obrębie nabłonka urotelialnego dróg moczowych, które nie są rzadkie u biorców nerki. Badaliśmy pochodzenie nefrogennych gruczolaków u biorców nerki. Metody
Skrawki tkanek analizowano za pomocą fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ z użyciem sond do chromosomów X i Y, metodami immunohistochemicznymi z użyciem przeciwciał przeciwko antygenom cewkowym nerkowym i metodami histochemicznymi lektyn. Przeanalizowano 42 nerkowe gruczolaki nerkowe od 29 pacjentów.
Wyniki
Wszystkie nefrogeniczne gruczolaki u 14 biorców biorców przeszczepów od dawców płci męskiej i 10 męskich biorców przeszczepów od dawczyń dawców wykazywały ten sam status chromosomu płci co nerka dawcy, ale nie taki sam status chromosomu płci jak otaczająca tkanka pęcherza pacjenta. Read more „Wydzielanie nerczycowych gruczolaków z komórek nerkowych nerek u pacjentów po przeszczepieniu nerki”

Wentylacja oscylacyjna o wysokiej częstotliwości w porównaniu do konwencjonalnej wentylacji mechanicznej dla niemowląt o bardzo niskim urodzeniu

Skuteczność i bezpieczeństwo wczesnej wentylacji oscylacyjnej o wysokiej częstotliwości w porównaniu z konwencjonalną synchronizowaną przerywaną obowiązkową wentylacją w leczeniu niemowląt o bardzo niskiej masie urodzeniowej nie zostały ustalone. Metody
Przeprowadziliśmy randomizowane, wieloośrodkowe badanie kliniczne, aby ustalić, czy niemowlęta leczone wentylacją oscylacyjną o wysokiej częstotliwości były bardziej prawdopodobne niż niemowlęta, którym podawano zsynchronizowaną przerywaną wentylację wymuszoną, bez konieczności stosowania uzupełniającego tlenu w wieku 36 tygodni w okresie pomenstrualnym. Kwalifikujące się niemowlęta ważyły od 601 do 1200 g przy narodzinach, były w wieku poniżej czterech godzin, otrzymały jedną dawkę środka powierzchniowo czynnego i wymagały wentylacji ze średnim ciśnieniem w drogach oddechowych wynoszącym co najmniej 6 cm wody i ułamkiem zainspirowanego tlenu co najmniej 0,25 . Niemowlęta stratyfikowano według masy urodzeniowej i ekspozycji na kortykosteroidy w okresie prenatalnym, a następnie losowo przydzielano do wentylacji oscylacyjnej o wysokiej częstotliwości lub zsynchronizowanej przerywanej wentylacji wymuszonej. Wentylację prowadzono zgodnie z protokołami opracowanymi w celu optymalizacji inflacji płuc i wartości ciśnienia krwi. Read more „Wentylacja oscylacyjna o wysokiej częstotliwości w porównaniu do konwencjonalnej wentylacji mechanicznej dla niemowląt o bardzo niskim urodzeniu”