Identyfikacja protetycznych patogenów chorób za pomocą metody metagenomicznej

width=300Metagenomiczne sekwencjonowanie może zmienić liczbę infekcji, szczególnie tych spowodowanych przez trudne do hodowli organizmy. Metagenomics został wykorzystany do zbadania protekcyjnych infekcji stawów (PJI), gdzie wykrywanie patogenu może być wyzwaniem.

Metody

Zbadano czterysta osiem próbek płynu ultradźwiękowego wytworzonych z resekcji stawu biodrowego i kolanowego, w tym 213 od osób z infekcjami i 195 od osobników bez zakażenia. Próbki wzbogacono w DNA drobnoustrojów stosując podstawowy zestaw MolYsis, amplifikowano cały genom i zsekwencjonowano za pomocą instrumentów Illumina HiSeq 2500. Zaprojektowano rurociąg, aby odfiltrować ludzkie odczyty i przeanalizować pozostałe sekwencje pod kątem zawartości drobnoustrojów przy użyciu narzędzi Livermore Metagenomics Analysis Toolkit i MetaPhlAn2.

Wyniki

W porównaniu z hodowlą płynów ultradźwiękowych biolodzy byli w stanie zidentyfikować znane patogeny w 94,8% (109/115) PJI dodatnich od hodowli, a dodatkowe potencjalne patogeny wykryto w 9,6% (11/115). Nowe potencjalne patogeny wykryto w 43,9% (43/98) kulturowych negatywnych PJI, z których 21 nie miało innych pozytywnych źródeł kultury, z których wykryto te mikroorganizmy. Wykrywanie drobnoustrojów w próbkach z niezakażonych aseptycznych niepowodzeń było odwrotnie (7/195 [3,6%] przypadków). Obecność ludzkiego i zanieczyszczającego DNA drobnoustrojów z odczynników była wyzwaniem, jak wcześniej podano.

Wnioski

Metagenomiczne sekwencjonowanie jest potężnym narzędziem do identyfikacji szerokiej gamy patogenów PJI, w tym trudnych do wykrycia patogenów w infekcjach ujemnych w hodowli.
[hasła pokrewne: endomitoza, państwa roślinne, rodzaje ściegów ]